Władze Towarzystwa w latach 2019−2024:
Prof. dr hab. Beata Możejko
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena, pracownik naukowy Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego. Jest koordynatorem wymiany akademickiej Erasmus w Instytucie Historii Uniwersytetu Gdańskiego pracując z grupami przyjeżdżających studentów z całej Europy. Jest także członkiem Komitetu Wiedzy Encyklopedii Gdańskiej. Od lat bierze też udział w posiedzeniach i wykładach Towarzystwa Dom Uphagena. Prowadzi również wykłady na studiach podyplomowych Gedanistyki organizowanych przez Uniwersytet Gdański.
Dr hab. Sławomir Kościelak
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, adiunkt w Zakładzie Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego, kierownik Studiów Podyplomowych Gedanistyka na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Gdańskiego, przewodniczący Komitetu Głównego Olimpiady Wiedzy o Gdańsku.
Dr Piotr Paluchowski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. doktor nauk humanistycznych o specjalności historia nowożytna. Zatrudniony jako adiunkt w Zakładzie Historii i Filozofii Nauk Medycznych Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego.
Dr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena, wicedyrektor Muzeum Gdańska, oraz adiunkt w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk.
Mgr Renata Wiloch-Kozłowska
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Jest absolwentką Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, dyplom uzyskała z archeologii ze specjalizacjami z konserwacji zabytków i badań architektonicznych. Jest członkiem Zarządu Głównego Stowarzyszenia Naukowego Archeologów Polskich.
Władze Towarzystwa w latach 2014−2019:
Dr hab. Sławomir Kościelak
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, adiunkt w Zakładzie Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego, kierownik Studiów Podyplomowych Gedanistyka na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Gdańskiego, przewodniczący Komitetu Głównego Olimpiady Wiedzy o Gdańsku,
Prof. dr hab. Edmund Kizik
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, kierownik Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, kierownik Zakładu Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.
Dr Jacek Stolarski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Muzyk, prezes Stowarzyszenia Muzycznego Forza.
Dr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki, kierownik Domu Uphagena - Oddziału Muzeum Historycznego Miasta Gdańska, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN.
Dr Zofia Maciakowska
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk architektury, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, współpracownik Agencji Rewaloryzacji Dart.
Dr Piotr Paluchowski
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. doktor nauk humanistycznych o specjalności historia nowożytna. Zatrudniony jako asystent w Zakładzie Historii i Filozofii Nauk Medycznych Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego oraz adiunkt w Dziale Historii Muzeum Historycznego Miasta Gdańska.
Władze Towarzystwa w latach 2003−2014:
Prof. dr hab. Edmund Kizik
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, kierownik Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, kierownik Zakładu Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.
Dr Dariusz Kaczor
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, pracownik naukowy Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.
Dr Jacek Stolarski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Muzyk, prezes Stowarzyszenia Muzycznego Forza, rzecznik prasowy Akademii Muzycznej w Gdańsku.
Dr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki, kierownik Domu Uphagena - Oddziału Muzeum Historycznego Miasta Gdańska, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN.
Dr Zofia Maciakowska
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk architektury, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, współpracownik Agencji Rewaloryzacji Dart.
Władze Towarzystwa w latach 1990−2003:
Mgr inż. Jacek Dyżewski
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Współwłaściciel firmy Konserwatorskiej "Dart"
Dr inż. Andrzej Januszajtis
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Fizyk. Emerytowany pracownik naukowy Politechniki Gdańskiej
Mgr inż. Bartłomiej Wieloszewski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Współwłaściciel firmy Konserwatorskiej "Dart"
Mgr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki. Kierownik Domu Uphagena, oddziału Muzeum Historii Miasta Gdańska
Mgr Wojciech Konieczny
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Redaktor Radia Gdańsk
Komisja Rewizyjna Towarzystwa Dom Uphagena w latach 2014-2024:
- Dr Katarzyna Darecka
- Dr Zofia Maciakowska
- Mgr Wojciech Szymański
Komisja Rewizyjna Towarzystwa Dom Uphagena w latach 2009-2013:
- Mgr Irena Pawlukiewicz
- Mgr Grażyna Szumska-Józefiak
- Dr Jacek Friedrich
- Komisja rewizyjna w latach 2004-2008:
- Dr inż. arch. Bogna Lipińska
- Art. plast. Grażyna Kunicka
- Mgr Irena Pawlukiewicz