Władze Towarzystwa w latach 2003−2014:

Prof. dr hab. Edmund Kizik
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, kierownik Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, kierownik Zakładu Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.

Dr Dariusz Kaczor
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, pracownik naukowy Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.

Dr Jacek Stolarski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Muzyk, prezes Stowarzyszenia Muzycznego Forza, rzecznik prasowy Akademii Muzycznej w Gdańsku.

Dr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki, kierownik Domu Uphagena - Oddziału Muzeum Historycznego Miasta Gdańska, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN.

Dr Zofia Maciakowska
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk architektury, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, współpracownik Agencji Rewaloryzacji Dart.

Władze Towarzystwa w latach 1990−2003:

Mgr inż. Jacek Dyżewski
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Współwłaściciel firmy Konserwatorskiej „Dart”

Dr inż. Andrzej Januszajtis
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Fizyk. Emerytowany pracownik naukowy Politechniki Gdańskiej

Mgr inż. Bartłomiej Wieloszewski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Współwłaściciel firmy Konserwatorskiej „Dart”

Mgr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki. Kierownik Domu Uphagena, oddziału Muzeum Historii Miasta Gdańska

Mgr Wojciech Konieczny
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Redaktor Radia Gdańsk

Komisja rewizyjna w latach 2009-2013:
Mgr Irena Pawlukiewicz
Mgr Grażyna Szumska-Józefiak
Dr Jacek Friedrich

Komisja rewizyjna w latach 2004-2008:
Dr inż. arch. Bogna Lipińska
Art. plast. Grażyna Kunicka
Mgr Irena Pawlukiewicz